Kategória projektov Interné projekty rieši témy základného a aplikovaného výskumu vo verejnej správe a regionálnom rozvoji. Je financovaná prostredníctvom Grantovej agentúry VŠEMvs , ktorá začala svoju činnosť dňa 01.09.2007. Jej poslaním je poskytovať finančnú podporu výskumným projektom, ktoré riešia relevantné, aktuálne a perspektívne témy verejnej správy a regionálneho rozvoja. Grantová agentúra udeľuje finančnú podporu z fondu pre vedu a výskum VŠEMvs, ktorý disponuje vyčlenenými rozpočtovými prostriedkami VŠEMvs. O finančnú podporu výskumu sa môžu uchádzať riešitelia alebo riešiteľské kolektívy zložené najmä zo zamestnancov VŠEMvs, preferované sú zmiešané kolektívy a kooperatívne a medzinárodné projekty. Od začiatku svojej činnosti Grantová agentúra VŠEMvs doposiaľ podporila realizáciu 16 výskumných úloh.