Spolupráca so slovenskými vysokými školami zameraná predovšetkým na realizáciu spoločných vedecko-výskumných projektov, na vzájomnú činnosť zamestnancov VŠEMvs v odborných komisiách a výboroch partnerských vysokých škôl, na účasť pedagógov a študentov na vedeckých konferenciách a súťažiach, na vzájomné publikovanie vedeckých a odborných prác vo vedeckých a študentských časopisoch  v rámci Slovenskej republiky.

Spolupráca s partnerskými vysokými školami na Slovensku sa realizuje v súlade s uzatvorenými dohodami. Najaktívnejšia je spolupráca sme  s Fakultou verejnej správy Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach.

Výsledkom uvedenej spolupráce je publikovaný priebežný výstup zo spoločného výskumu projektu Model komunálnej reformy na Slovensku, účasť pedagógov na vedeckých konferenciách, študentov na medzinárodnej ŠVOČ ako aj celý rad recenzných posudkov na publikácie učebných textov a výstupov z výskumov oboch inštitúcii.

Tradične vysokú úroveň spolupráce sa  udržiava s Fakultou manažmentu Prešovskej univerzity a to účasťou zamestnancov VŠEMvs na konferenciách, vzájomnou činnosťou v odborných komisiách a výboroch vzdelávacích inštitúcií, publikovaním vedeckých článkov vo vedeckých časopisoch a pod.

Medzi ďalšie vysoké školy, s ktorými VŠEMvs udržiava aktívnu spoluprácu patrili Fakulta špeciálneho inžinierstva Žilinskej univerzity v Žiline a Akadémia policajného zboru v Bratislave.

Spolupráca s Komunálnym výskumným a poradenským centrom, n. o. Piešťany na úseku vedy a výskumu patrí k silným stránkam spolupráce VŠEMvs so záujmovými organizáciami. Táto spolupráca v roku 2009 znamenala úspešnú realizáciu I. etapy výskumného projektu GA 02/09-GA “Model komunálnej refirmy na Slovensku“. Výsledkom uvedenej spolupráce je publikácia priebežných výsledkov vo výskumnej štúdii Medziobecná spolupráca a zlučovanie obcí na Slovensku vydaná VŠEMvs, Merkury s.r.o. 2009, ISBN 978-80-89458-00-4.