Vysoká škola ekonómie a manažmentu verejnej správy v Bratislave úzko spolupracuje aj s ďalšími záujmovými organizáciami a inštitúciami verejného sektora.

V  roku 2009 rozvinula spoluprácu s Úniou miest Slovenska na výskumnom projekte Benchmarking miest Slovenska 2004-2008 a vo vzájomnej účasti predstaviteľov partnerských organizácii na vedeckých konferenciách.

Prehĺbila sa spolupráca VŠEMvs so záujmovou organizáciou územnej samosprávy ZMOS. Na základe podpísaného Memoranda medzi ZMOS a VŠEMvs. Táto organizácia by sa mala stať hlavným  partnerom vysokej školy vo formulovaní požiadaviek na absolventov vysokej školy, na smerovanie výskumu a vzdelávanie volených funkcionárov pracovníkov úradov a inštitúcii územnej samosprávy.